مرہٹوں کو شکست دے کر کمپنی نے دہلی پر قبضہ کر لیا اور شاہ عالم دوم برطانوی 'حفاظت' میں آ گئے؛ مغل بادشاہ عملاً کمپنی کا وظیفہ خوار رہ گیا۔
اٹھارہویں صدی کے آخر میں دہلی کا اقتدار عملاً مرہٹہ سردار سندھیا کے ہاتھ میں تھا، جو مغل بادشاہ شاہ عالم دوم کو اپنی سرپرستی میں رکھے ہوئے تھا۔ لارڈ ویلزلی کی سرکردگی میں کمپنی نے مرہٹہ طاقت کو توڑنے کے لیے دوسری اینگلو مرہٹہ جنگ (1803ء–1805ء) شروع کی۔
ستمبر 1803ء میں جنرل لیک نے دہلی کے قریب سندھیا کی فوج کو شکست دی اور شہر میں داخل ہو گیا۔ اندھے اور بوڑھے شاہ عالم دوم نے کمپنی کی 'حفاظت' قبول کر لی اور مغل دربار کو وظیفہ مقرر ہوا، لیکن حقیقی اقتدار کمپنی کے ریزیڈنٹ کے ہاتھ میں چلا گیا۔
مغل بادشاہ کے نام پر سکے اور خطبے جاری رہے، مگر ملکی معاملات کمپنی کے سپرد ہو گئے۔ بادشاہ کا یہ برائے نام مقام 1857ء کی جنگ تک چلتا رہا، جب آخری مغل بادشاہ بہادر شاہ ظفر بھی معزول کر دیے گئے۔