رہائی کے بعد شیخ الہندؒ بمبئی پہنچے جہاں خلافت تحریک کے رہنماؤں نے ان کا استقبال کیا؛ انہوں نے ترکِ موالات اور آزادی کی تحریک کی حمایت کا اعلان کیا۔
پہلی جنگِ عظیم کے خاتمے کے بعد شیخ الہندؒ اور ان کے ساتھیوں کی رہائی کے مطالبات بڑھے۔ ہندوستان میں خلافت تحریک کے عروج کے باعث حکومت کو ان کے حق میں نرمی اختیار کرنا پڑی اور مالٹا سے قیدیوں کو رہا کر دیا گیا۔ وہ 8 جون 1920ء کو بمبئی پہنچے جہاں ہزاروں لوگوں نے استقبال کیا؛ استقبال کرنے والوں میں علی برادران بھی شامل تھے۔
ہندوستان آ کر انہوں نے دیکھا کہ حالات بدل چکے ہیں، اب تحریک عوامی سطح پر ہندو مسلم مشترکہ عدم تعاون کی شکل میں چل رہی تھی۔ انہوں نے ترکِ موالات کی حمایت کا اعلان کیا اور بعض علما کی طرف سے اس کے خلاف رد و قدح کے باوجود فتویٰ پر دستخط کیے۔
ان کی ایک نمایاں یاد گار یہ ہے کہ اکتوبر 1920ء میں علی گڑھ میں انہوں نے جامعہ ملیہ اسلامیہ کا افتتاح کیا۔ صحت خراب ہونے کے باوجود وہ سرگرم رہے، لیکن بیماری بڑھتی گئی اور چند ماہ بعد ان کا انتقال ہو گیا۔