کراچی خلافت کانفرنس (جولائی 1921ء) کی قرارداد پر مولانا محمد علی جوہر اور مولانا شوکت علی سمیت رہنما گرفتار ہوئے اور کراچی میں مقدمہ چلا؛ عدالت میں ان کے بیانات مشہور ہوئے اور انہیں دو سال قید ہوئی۔
جولائی 1921ء میں کراچی میں خلافت کانفرنس کا اجلاس ہوا، جس میں قرارداد منظور کی گئی کہ مسلمانوں کے لیے اس برطانوی فوج میں ملازمت رکھنا جو اسلامی ملک ترکی کے خلاف استعمال ہو، جائز نہیں۔ حکومت نے اسے فوج کو بغاوت پر اکسانے کے مترادف قرار دیا، اور ستمبر 1921ء میں مولانا محمد علی جوہر، مولانا شوکت علی، مولانا حسین احمد مدنی اور دیگر کو گرفتار کر لیا گیا۔
کراچی کے خالق دینا ہال میں مقدمہ چلا، جہاں علی برادران نے عدالت میں طویل اور جرأت مندانہ بیانات دیے۔ ان کے ان بیانات کا کہنا تھا کہ ایک مسلمان کے لیے شرعی حکم پر عمل کرنا جرم نہیں ہو سکتا۔ ان بیانات کی سرکاری اور عوامی سطح پر بڑی شہرت ہوئی۔ نومبر 1921ء میں انہیں دو سال قید کی سزا سنائی گئی۔
اس مقدمے نے ملک بھر میں جوش و خروش پیدا کیا اور تحریکِ خلافت میں گرفتاریوں کا سلسلہ بڑھ گیا۔ تاہم قیادت کے جیل جانے اور 1922ء میں تحریک کی معطلی نے تحریک کی تنظیمی طاقت کو کمزور کر دیا۔